COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 5.983426
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 5.751323
2020-10-09 17:00:00 6.901159 6.901159 5.498969
2020-10-08 17:00:00 6.462274 6.462274 5.267767
2020-10-07 17:00:00 4.575367 4.575367 5.010499
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 4.764067
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.305967 4.499863

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 4.949815
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 4.827243
2020-10-09 17:00:00 7.002039 3.738953 4.690669
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 4.500351
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 4.313670
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 4.147573
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 3.875170

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.661200
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.752336 1.875165
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.897475
2020-10-08 17:00:00 3.666667 2.357985 2.008636
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.129448
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 2.133486
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.541850 2.146352

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 1.228789
2020-10-10 17:00:00 2.671906 1.209253 1.215349
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.066296 1.193700
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.164866
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.141483
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.102651
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.217253 1.051890

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 7.578018
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 7.601477
2020-10-09 17:00:00 9.777495 6.198347 7.583198
2020-10-08 17:00:00 9.593207 5.461919 7.477339
2020-10-07 17:00:00 8.858492 8.858492 7.406500
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 7.325722
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 7.216325

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 8.283003 4.066005 3.591956
2020-10-10 17:00:00 6.981407 3.353992 3.649681
2020-10-09 17:00:00 5.456702 3.588375 3.600989
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 3.596747
2020-10-07 17:00:00 2.649643 2.649643 3.552708
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.485614
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.450936

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 5.335076
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 5.145504
2020-10-09 17:00:00 8.984615 4.246154 4.935488
2020-10-08 17:00:00 4.886717 4.886717 4.725055
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 4.509603
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 4.324031
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 4.041673

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.510663
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.435165
2020-10-09 17:00:00 3.739492 3.739492 3.368733
2020-10-08 17:00:00 3.710978 3.710978 3.325049
2020-10-07 17:00:00 4.111482 4.111482 3.256328
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 3.202302
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 3.155321

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 23.436551 10.503947 9.859667
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 9.599921
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 9.367818
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 9.107421
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 8.852224
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.616129
2020-10-05 17:00:00 13.161132 6.382344 8.491931

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 4.363536
2020-10-10 17:00:00 7.999439 3.648867 4.197936
2020-10-09 17:00:00 6.003787 2.788127 4.006846
2020-10-08 17:00:00 5.494329 5.494329 3.776478
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 3.565498
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 3.378604
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.106942 3.150193

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 5.447472
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 5.293758
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 5.108729
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 4.900662
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 4.718918
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 4.536544
2020-10-05 17:00:00 4.899777 1.929825 4.351791

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 5.944798 1.698514 1.527316
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 1.427140
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.325581 1.369399
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 1.285858
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 1.240743
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 1.161340
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.422833 1.113088

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 8.183840
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 7.778551
2020-10-09 17:00:00 10.855683 10.855683 7.318323
2020-10-08 17:00:00 6.250000 6.250000 6.830149
2020-10-07 17:00:00 6.857855 6.857855 6.352378
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 5.888264
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 5.544363

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.365777
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.451399
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.239478
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.170153
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.762145
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.467790
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 7.373404

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 9.490911
2020-10-10 17:00:00 9.834450 13.826545 9.222186
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 8.977656
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 8.533458
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 8.103968
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.160050 7.673140
2020-10-05 17:00:00 14.827586 4.066835 7.310392

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 11.355115 6.755895 6.251690
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 6.121080
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 5.934564
2020-10-08 17:00:00 8.044113 8.044113 5.773437
2020-10-07 17:00:00 6.138428 6.138428 5.557119
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 5.299621
2020-10-05 17:00:00 4.822777 4.822777 5.067086

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 7.106264
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 6.782201
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.488282
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 6.274269
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 5.890936
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 5.684643
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 5.430692

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 10.694995 10.694995 5.730394
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.553271
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 5.341456
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 5.154657
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 4.996976
2020-10-06 17:00:00 4.383440 4.383440 4.827746
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.295996 4.625046

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 5.771931
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 5.566226
2020-10-09 17:00:00 6.617345 6.617345 5.376536
2020-10-08 17:00:00 5.556466 5.556466 5.148299
2020-10-07 17:00:00 4.575263 4.575263 4.904398
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 4.604562
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 4.372684

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 6.251705
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 5.978112
2020-10-09 17:00:00 9.698137 4.399486 5.823272
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 7.124682 5.609330
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.534270 5.418210
2020-10-06 17:00:00 3.974359 3.974359 5.117133
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.617710 4.808746

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 10.628646
2020-10-10 17:00:00 28.205128 9.615385 10.102633
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 9.925890
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 9.268241
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 8.712197
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 8.349496
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 7.839874

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 8.190899
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 7.617343
2020-10-09 17:00:00 11.177907 11.177907 6.958261
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 6.493537
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 6.064083
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 5.660085
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 5.390625

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.292096 5.292096 4.949815
Basilicata 1.351351 1.351351 1.661200
Calabria 2.063679 2.063679 1.228789
Campania 7.479617 7.479617 7.578018
Emilia-Romagna 8.283003 4.066005 3.591956
Friuli Venezia Giulia 12.125000 12.125000 5.335076
Lazio 3.551259 3.551259 3.510663
Liguria 23.436551 10.503947 9.859667
Lombardia 10.371859 10.371859 4.363536
Marche 7.510431 7.510431 5.447472
Molise 5.944798 1.698514 1.527316
P.A. Bolzano 10.606061 10.606061 8.183840
P.A. Trento 7.800000 7.800000 8.365777
Piemonte 8.178364 8.178364 9.490911
Puglia 11.355115 6.755895 6.251690
Sardegna 10.280374 10.280374 7.106264
Sicilia 10.694995 10.694995 5.730394
Toscana 6.357600 6.357600 5.771931
Umbria 7.917889 7.917889 6.251705
Valle d'Aosta 10.344828 10.344828 10.628646
Veneto 9.945504 9.945504 8.190899

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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